Kwartet z którym Shorter występuje aktualnie został założony w roku 2000. Ukazały się dotąd dwa albumy dokumentujące koncerty grupy w składzie Shorter, Danilo Perez (piano), John Patitucci (bass) oraz Brian Blade (drums).

Wayne Shorter znany jest między innymi ze swej niezwykle udanej współpracy z Milesem Davisem – saksofonista był członkiem drugiego słynnego kwintetu Milesa w latach 60. Był także współliderem legendarnej formacji Weather Report w latach 70. Wiele z jego nagrań uważanych jest dziś za kompozycje klasyczne.

Shorter rozpoczął karierę występując z Art Blakey’s Jazz Messengers. W roku 1964 przystąpił do zespołu Milesa Davisa, w którym występował wspólnie z tak ważnymi muzykami jak Herbie Hancock, Ron Carter czy Sam Rivers. Wielu jazzowych krytyków uznaje, że ten skład kwintetu Davisa był najwspanialszym w historii. Shorter skomponował dla Milesa takie utwory jak "Prince of Darkness", "ESP", "Footprints", "Sanctuary" czy "Nefertiti". Shorter opuścił zespół Davisa w roku 1970. Już wcześniej wydał kilka niezwykle ciepło przyjętych albumów solowych dla wytwórni Blue Note.

Lata 1971-1985 to okres gry Shortera w zespole Weather Report założonym wspólnie z innym współpracownikiem Milesa Davisa – Joe Zawinulem.

Wayne Shorter gościnnie wystąpił także na albunach Steely Dan, Joni Mitchell, kontynuował również współpracę z Hancockiem – wspólnie nagrali tribute album poświęcony Milesowi Davisowi. Saksofonista pojawił się też w obsadzie doskonałego filmu Bernarda Taverniera „Round Midnight” poświęconego jazzowej scenie lat 50.